El Programa de Mejora de la Raza Pajuna fue iniciado en el año 2001 promovido por los tres socios fundadores y continuó con la incorporación de cinco ganaderos más, hasta enero de 2003 año en que la Junta de Andalucía reconoció a la Asociación de Criadores GRAPA como entidad colaboradora en la gestión del Libro Genealógico de la raza en enero de 2003.
El Programa de Cría pretende asegurar la conservación de la raza Pajuna, manteniendo los efectivos de la raza, su pureza y variabilidad genética en su entorno natural. Las medidas que contempla este programa van siempre orientadas a garantizar el incremento de la pureza racial.
